Aminado ang Department of Environment and Natural Resources (DENR) na anumang pisikal na pagbabago na ginagawa sa Manila Bay ay may epekto sa tubig ng karagatan.
Hindi man direktang matukoy ng mga ahensya kung may epekto ang reclamation sa Manila Bay sa malawak na pagbaha sa Metro Manila noong kasagsagan ng pananalasa ng Super Typhoon Carina at habagat, pero inamin ni Environment Secretary Maria Antonia Yulo-Loyzaga sa Senado na ang reclamation projects ay nagpapabagal sa daloy at sirkulasyon ng tubig at sa iba pang pollutants at organic materials na matatagpuan sa tubig.
Sinabi ni Yulo-Loyzaga, sa pangkalahatan, anumang pagbabago sa coastline tulad ng pagtatayo ng mga imprastraktura ay tiyak na magpapabago sa lagay ng Manila Bay.
Inamin pa ng kalihim na nagkakaroon din ng pagbabago sa kalidad ng tubig sa Manila Bay kaya naman nakukwestyon niya ngayon kung nasusunod at naipapatupad ba ng mga ahensya ang mandamus na inisyu ng Korte Suprema para sa Manila Bay.
Sa mandamus ay inaatasan ang 13 government agencies na linisin, i-rehabilitate at i-preserve ang Manila Bay gayundin ang pagpapanatili sa kalidad ng tubig na pwedeng mag-swimming o pagliguan at iba pang recreation.
