Maliban sa epekto ng El Niño sa mga sakahan, mahigpit ding tinututukan ng pamahalaan ang pagkakaroon ng mga sakit na may kinalaman sa El Niño.
Sa Bagong Pilipinas Ngayon, sinabi ni Task Force El Niño Spokesperson Joey Villarama, bagama’t pang naitatalang anumang uri ng sakit o outbreak sa bansa dahil sa El Niño ay patuloy na naka-monitor ang task force sa disease outbreak.
Partikular dito ang mga water borne diseases dahil sa kakulangan ng malinis na inuming tubig.
Bukod dito, tinututukan din ng pamahalaan ang pagkakaroon ng cholera outbreak, typhoid, at vector borne diseases tulad ng dengue, chikungunya, at iba pang sakit na dala ng mga lamok.
Nagpaalala rin si Villarama sa publiko na ugaliin ang pag-inom ng tubig, at pagsilong sa lilim para maiwasan ang heat stroke dahil sa patuloy na pagtaas ng temperatura.
