Hindi dapat makaapekto sa paggawad ng pamahalaan ng amnesty sa mga rebeldeng grupo ang pagpapatupad ng Anti-Terrorism Law.
Ayon kay Justice Spokesperson Asec. Mico Clavano, “mutually exclusive” ang dalawa at hindi dapat makaapekto sa estado ng aplikasyon ng amnesty ng isang grupo o indibidwal ang pagpapatupad ng batas.
Maaari pa rin naman aniyang ipatupad ang mga probisyon ng Anti-Terror Law sa isang grupo o indibidwal na pag-a-apply ng amnesty kung nasangkot sa kaso ng terorismo habang pinoproseso ang aplikasyon.
Dagdag pa ni Clavano na hindi rin masasakop ng amnesty ang mga grupo o indibidwal na nakasuhan na ng terorismo pero maaari pa ring mag-avail ng plea bargaining para mapababa ang kanilang sentensya.
Matatandaang noong nakaraang taon ay naglabas ng Executive Order si Pang. Ferdinand Marcos Jr., para magawaran ng amnesty ang ilang rebeldeng grupo, kabilang ang CPP-NPA-NDF, para sa ilang piling kaso.